|
Выпуск 668 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ... Как достучаться до вечной молодости, пока не поздно?  Смотреть видео: https://www.youtube.com/watch?v=5RH1JbiimDE Обсуждение
Запущен профессиональный Online service
Input data: tgtgctaaacgcgttgttagagacccacaaggtatcagagcttgggttgcttggagaaatcgatgt *** Input data: tgtcatttatcctgcagtgctttgctgcaagataacatcgctgatgctgtagcttgt *** Input data: tgtcacttgtcttgt *** Input data: tgcaacatcccgtgctcagccctgctgagctcagacataacagcgagcgtgaactgc *** Input data: atggaagctaggagccgggctcccagaagacagctgtgcccgcct *** Input data: atgaggtctttgctaatcttggtgctttgcttcctgcccctggctgctctggggaaagtctttggacgatgt The probability of a random closure of 6 disulfide bridges is 10 ^ -84, i.e. the randomness of the correct operation of the program Piotech is excluded. Virus model (fragment) Virus shell model Virus shell model. Single electrons shown. Same protein, tertiary structure. Also. Another view Protein-DNA interaction mechanics *** In 2018, Deep Mind won the CASP competition, using not the amino acid sequence, but the nucleotide sequence to find homologues: https://deepmind.com/blog/alphafold/ We have moved on. In 1992, we managed to discover 3D genetic code, which allows us to determine the structure of a protein without homology with 100% reliability. As
well as the usual genetic code allows you to determine the primary structure of the protein.  The organizers of the CASP did not pay attention to our result, since X-ray diffraction analysis is considered the benchmark, but it cannot distinguish pi-helix from alpha-helix and programmed collagen helix of triple helix.
Therefore, our results were too accurate for the CASP to be correct. They did not want to send us a nucleotide sequence, since it was believed that enough amino acid sequence. Deep Mind turned out to be the bridge that allows you to go from homology on amino acid sequence to homology on nucleotide sequence. Indeed, the basis of homology is X-ray diffraction analysis, so Deep Mind did not notice its errors, and the conflict with X-ray diffraction analysis did not work out. But now you need to go further.
From homology to the direct use of a 3D genetic code. You have a chance to become the first users of the newest high technology based on the 3D genetic code scientific discovery. *** В 2018-ом году на конкурсе CASP победила компания Deep Mind, используя для поиска гомологов не аминокислотную, а нуклеотидную последовательность: https://deepmind.com/blog/alphafold/ Мы продвинулись дальше. В 1992-ом году нам удалось открыть композиционный генетический код, что позволяет определять структуру белка и без гомологии с надёжностью 100%. Так же, как обычный генетический код позволяет определять первичную структуру белка. На наши результате организаторы CASP не
обратили внимания, т.к. эталоном считается рентгеноструктруный анализ, но он не может отличить пи-спирль от альфа-спирали и программную спираль коллагена от тройной. Поэтому наши результаты были слишком точные для CASP, чтобы признать их верными. На не хотели присылать нуклеотидную последовательность, т.к. считалось, что достаточно аминокислотной. Deep Mind оказалась тем мостиком, который позволяет перейти от гомологии по аминокислотной последовательности к гомологии по нуклеотидной последовательности. Ведь
в основе гомологии лежит РСА, поэтому его ошибки Deep Mind не заметила, и конфликта с РСА не получилось. Но теперь нужно идти дальше. От гомологии к прямому использованию композиционного генетического кода. Вы имеете шанс стать первыми пользователями новейшей высокой технологии, основанной на научном открытии композиционного генетического
кода. Обсуждение
Пикотехнологический конструктор помог определить транспозиционные углы Что не смогли программисты, смог 3D принтер! Распечатав наборы элементов пикотехнологического
конструктора удалось определить комплект углов (композиционный, транспозиционный и пролиновый) к фундаментальным спиралям (альфа-310-пи-бета-). Перед Вам модель одного витка пи-спирали, замкнувшаяся на 5-ом аминокислотном остатке. Водородная связь находится между разноименными магнитными полюсами параллельно расположенных электронов, принадлежащих 1-му и 5-му аминокислотным остаткам. 
Протон водородной связи должен находиться между коричневым и голубым АО на оси
симметрии винта.
Величины найденных углов для пи-спирали могут использоваться в Пикотех 3D в автоматическом режиме для всех участков пи-спиралей. Получить значения этих углов с помощью программ не удавалось на протяжении ряда лет. С помощью пикотехнологического конструктора, распечатанного на 3D принтере, задача решилась за 10 минут. Обсуждение
Пролиновая девиация пептидных групп  По
шкале из самых мелких шариков откладывается композиционный угол. По шкале из средних шариков - транспозиционный угол. По шкале из крупных шариков - пролиновый угол. Эти три угла лежат в попарно ортогональных плоскостях. Интерес представляет тот факт, что любой аминокислотный остаток может деформироваться не только на транспозиционный угол, но и на пролиновый. Другое дело, что пролиновая деформация обычных аминокислотных остатков не превышает 10 градусов. Если же требуется больше, то очередной аминокислотный
остаток заменяется на пролин (Pro), и диапазон пролиновой деформации увеличивается от +-10 до +-60 градусов. В результате зона роста белковой молекулы охватывает более 2/3 полного телесного угла. Обсуждение
Устойчивость 310-спирали оказалась связанной с 3D-пазлом её структуры 
310-спираль похожа на трёхмерную головоломку, где каждый элемент зажат соседними. Поэтому устойчивость 310-спирали обусловлена в первую очередь механическим взаимодействием между соседними пептидными группами и уже во-вторую очередь водородными связями. Это научное открытие было сделано с помощью пикотехнологического конструктора, который при определенных значениях композиционного, транспозиционного и пролинового углов
неожиданно сложился в трёхмерный пазл-головоломку. При этом число аминокислотных остатков на виток 310-спирали совпало со значением из учебника.  Здесь мы видим переход альфа-спирали в 310-спираль и обратно. Обсуждение
"Сапфировый" геном - молекулярно-биологический клад  
Представительная выборка (~16% структур) Если исследовать структуры всех белков этого "сапфирового" генома, то можно получить богатейшую информацию, т.к. в этом геноме мы наблюдаем невероятное сосредоточение высокоорганизованных белковых структур. Тут и невероятно длинные пи-спирали, и огромная концентрация программных спиралей, и явно выраженная фрактальная архитектура большинства белков "синего сапфирового" генома. Обсуждение
3D гамма-принтер  Примерно так будет выглядеть 3D гамма-принтер с вентральной стороны. Число
деталей гамма-принтера в три с лишним раза меньше, чем обычного 3D принтера. Это помогает увеличить точность, быстродействие и надежность при сильном снижении себестоимости и, соответственно, цены. Стол, на котором будет распечатываться изделие, состоит из одного круглого стекла с адгезионным покрытием и подогревом. Оно кладется на обычный стол с использованием теплоизоляционного коврика, похожего на коврик для компьютерной мыши. Прямо на стекле закреплены три шаговых двигателя. Крепление двигателей и
экструдера представляют собой ноу-хау. Для гамма-принтера придется написать новый драйвер, который будет отличаться от драйвера дельта-принтера формулами преобразования из декартовой системы координат. Цена 3D гамма-принтера будет складываться из цены трех шаговых двигателей с типовой системой управления, двигателя подачи филамента, экструдера, стекла с подогревом и теплоизоляционным ковриком, трёх переходников для крепления двигателей к стеклу и переходник экструдера. Удалось ещё упростить механику 3D принтера. Теперь в нём уже нет шарниров. Есть только три винта на осях двигателей и ещё три группы деталей, которые входят в ноу-хау. Но самое интересное, что удалось снова вернуться к декартовой системе координат, т.е. не нужно даже переписывать драйвер! Цена механической части Ku-принтера будет определяться фактически ценой трёх шаговых двигателей, двигателя подачи и группы деталей, цена которых не превысит цену шагового двигателя. Материал с форума лаборатории Наномир: Юрий Немцов:А. Ю.тут у нас вопрос. Сколько стоит для нас производство вашего принтера? И второй вопрос. Что может он напечатать, при минимальных затратах? Кушелев: Смотря что Вы называете производством. Если изготовление одного действующего макета без документации, то это недели три работы нескольких специалистов и расходные материалы в пределах 1000 USD. Т.е. один рабочий принтер, несколько проданных на детали, стекла, рубиновые шарики... А
напечатать можно будет всё, что может напечатать самый дешевый 3D-принтер, механику которого мы заменим. Очень ровные стекла помогут увеличить точность 3D печати. Главное преимущество - мало недорогих деталей, что удешевляет механику раза в три, а весь принтер раза в два.
Обсуждение
Продолжаем снимать музыкальный клип "Рождение молекулы"  
   
 Обсуждение
Съемка музыкального клипа плавно перешла в ... научную дискуссию!  Подробнее Обсуждение
Кадры из фантастического рассказа и одноименного клипа "Череп Нефертити"      
 Обсуждение
Фрактальный перевертыш  Это похоже на ... фрактальный перевертыш! Обсуждение
Музыка сборки белка для профессиональной аранжировки Все программные спирали белка собираются под циклическую музыку. Среди этой музыки встречается вполне достойная для профессиональной аранжировки. Например, эта: https://yadi.sk/d/6CjvgKGXnAVJMg 
Обсуждение
Пикотехнологические модели молекул на ... болтах  Модель
бета-спирали белка, собранная из моделей пептидных групп, распечатанных на 3D принтере. Обсуждение
Подводные съёмки в зоне добычи
каменных эллипсоидов   Обсуждение
Фрактальные дифракционные катафоты и невидимки  Многие слышали про дифракционные зеркала, в т.ч. фокусирующие дифракционные спутниковые тарелки. Но вряд ли кто-то слышал о дифракционных ... катафотах и антикатафотах. Тем не менее их создание возможно. И ничего страшного, что об этом ещё не знают в секретных лабораториях ;) На фотомонтаже вы видите частотно-зависимую поверхность, которая может поглощать излучение на определенной частоте, например, на частоте радара. В этом случае объект становится невидимым даже в том случае, если по законам
геометрической оптики от него должен отразиться луч радара в обратном направлении. Излучение будет почти полностью поглощаться. Иногда нужно решать обратную задачу. Изобразить крупный объект, например, самолёт с помощью сравнительно маленького катафота. И в этом случае катафот можно сделать дифракционным. Но такие решения представляют собой ноу-хау, т.к. "не лежат на поверхности" :) Обсуждение
Создан онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" Определены структуры всех белков человека
   
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе. По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой
технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша
задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард
раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не
предел.  
Фрагменты моделей белков, замкнувшихся через дисульфидные мостики в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
3D модель белка, согласованного по форме с ДНК Вторичные структуры белков в компантном изображении:
Первая 1000 белковых структур за счёт лаборатории Наномир (по старой технологии это стоило бы 10 миллионов евро). Обсуждение
Инвестирование научных проектов
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без
ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в
PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть
использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить
информацию о структуре Вашего белка. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов -
выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru
веб-мани: WM-кошелек
R426964799301 Другие способы перевода Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!
|
