Выпуск 673 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ... Подготовка к включению рубинового источника энергии Трансляция на эту тему будет в субботу 16 февраля 2019 в 19.00! В субботу, в 19 часов запланирована трансляция на канале "Глобальная Волна", где будет показан процесс изготовления резонаторов
для ближайшего эксперимента и будут обсуждаться два уровня защиты от опасных излучений магнетрона и модулятора. Ссылка на трансляцию будет опубликована здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/2129/ Повторен режим свечения сферического резонатора от импульсного магнетрона! 
Отгадайте, какой из трёх шариков имеет резонансные пики, показанные ниже: 
Отгадка: 
28 января состоялась первая встреча с хозяином импульсного магнетрона, который работает на частоте ~34 ГГц.  На первой же встрече была проведена серия экспериментов с резонаторами из рубина, ИАГ-Ce, корундов разных цветов и форм. 
Во многих режимах
наблюдался не резонансный поверхностный пробой 
Так выглядит на кадре видеозаписи типовой не резонансный поверхностный пробой. 
Видеозапись с камеры Ярослава
Старухина: https://www.youtube.com/watch?v=051q3UhLPjg А на этих кадрах, которые находятся на отметке таймера 55 минут, 27 секунд, вероятно, мы видим свечение экваториальной зоны резонатора. Возможно, что это - радиальная колебательная мода
"шепчущей галереи", т.е. именно то, что мы искали! Обратите внимание, что не видно поверхностного пробоя, не слышно звука, т.е. свечение возникает бесшумно. Светится именно экваториальная зона, расположенная в вертикальной плоскости. "Мечется" гораздо быстрее, чем "метался" бы свет, попадающий в резонатор из волновода. Да и не может свет из волновода подсветить весь экватор шарика. Теперь интересно посмотреть с других камер. Всего может найтись изображения с 4 видеокамер, а
если в это время установлены зеркала (они то были, то убирались), то у нас есть шанс увидеть этот режим свечения (аналогичный тому, что был в Дубне в 2011 году) с 6 разных направлений.  
На кадре видеозаписи видно свечение зоны расположения радиальной колебательной моды "шепчущей галереи". Тот же режим, что был записан в Дубне в 2011-ом году: http://nanoworld.org.ru/topic/648/ 
После анализа результатов эксперимента от 2019-01-28, инвесторы увеличили уровень финансирования, что дало возможность начать подготовку к следующему эксперименту, где появляется реальный шанс включить рубиновый источник энергии. 
10 заготовок из ИАГ-Ce, одна из голубой шпинели и одна из "рыжего" корунда. Весь материал советского производства. Это только первая партия заготовок, поэтому все желающие могут профинансировать вторую партию заготовок (ещё 24 штуки), что позволит попытаться в ближайшем эксперименте включить источник энергии, состоящий из 5 одинаковых шариков. В идеале нужно сделать ячейки по 5 шариков, рассчитанные на 7-ю, 8-ю, 9-ю и 10-ю радиальные колебательные моды. Это уже 5*4=20 точных сферических
резонаторов. Как показывает мой опыт, заготовок должно быть раза в 2 больше. В данном случае хотя бы 36. Обработка заготовок алмазным абразивом с размером зерен 20 ... 28 микрон. 
Слева - заготовка, сделанная мастером с использованием абразива 100/80. Справа - заготовка после обработки абразивом 28/20. Предельную добротность рубинового резонатора можно получить при шероховатости поверхности 5 микрон. На отметке таймера 57 минут 45 секунд мы видим более удачное возбуждение резонатора на радиальной колебательной моде.  
Фрагмент видео в стандарте MP4: https://yadi.sk/i/i7Ihbn0vnZ8Vug Обратите внимание, что свечение появляется вместе с пропаданием звука. В следующем эксперименте мы будем использовать защиту от излучения магнетрона и модулятора. Гидрокамера для эксперимента готова. Пространство между двумя прозрачными емкостями заполнено соленой водой, которая ослабляет электромагнитное излучение 8-мм диапазона примерно в миллион раз. 
Внешний контейнер открыт, вода слита. Так будет выглядеть открытый конец волновода во время эксперимента. Его будет заслонять контейнер с солёной водой. Открытый конец волновода крупным планом. Через чистую соленую воду видно не хуже. В одном из вариантов выход из камеры заслоняет баночка для борща, заполненная соленой водой. Бамбуковая штанга-шампур держится на магнитной присоске. Второй магнит находится внутри герметичной баночки с водой. Резонатор удерживается пенопластовой вилкой на бамбуковой штанге 
Один защитный плащ у меня есть. В настоящее время идёт сбор средств на защитные костюмы, рассчитанные на диапазон 30...60
ГГц: 
Второй уровень защиты - гидрокамера, но она защищает людей и видеокамеры только от излучения магнетрона. От излучения модулятора гидрокамера не спасет. А в случае разрушения гидрокамеры защитные костюмы очень даже пригодятся.  Видео Обсуждение Трансляция о подготовке к эксперименту будет в субботу 16 февраля 2019 в 19.00! В субботу, в 19 часов запланирована трансляция на канале "Глобальная Волна", где будет показан процесс изготовления резонаторов для ближайшего эксперимента и будут обсуждаться два уровня защиты от опасных излучений магнетрона и модулятора. Ссылка на трансляцию будет опубликована
здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/2129/
Определение структуры белка по 3D генетическому коду. Презентация Учебные пособия для школ с пикотехнологическими моделями молекул допущены министерством образования России. Модель аминокислоты Val. Шариками показаны
центры атомов, кольцами - валентные электроны. Модель пептидной группы. Показаны только валентные электроны. На основе пикотехнологических моделей аминокислот я предположил, что их взаимное расположение кодируется генетическим кодом. При этом треугольник ABC одного аминокислотного остатка совмещается с треугольником DEF другого аминокислотного остатка с поворотом на 120 градусов. 
Аминокислота поворачивается вокруг вертикальной оси (оси симметрии tRNA) 
Поворот на 120 градусов относительно оси симметрии tRNA формирует углы альфа-310-, бета-, пи-спиралей соответственно. 
Это - модель ~половины тРНК, т.е. только одна цепь. Должны быть ещё обратные цепи, которые пока не показаны. Конечно, это ещё неправильная модель, но уже "близко к тексту", т.е. в первом приближении тРНК имеет
именно такую форму. Упрощённая (многогранная) модель однонитевой РНК Пикотехнологическая (кольцегранная) модель двухнитевой ДНК Пикотехнологическая (кольцегранная) модель одной ступени ДНК Упрощённая (многогранная) модель двух ступеней ДНК Модель процесса сборки
белка рибосомой. Показаны только тРНК и аминокислоты. Я решил проверить существование 3D genetic code на примере миоглобина: 
Рисунок миоглобина, структуру которого определили одной из первых. Нуклеотидная кодирующая последовательность миоглобина: >ENA|CAG30402|CAG30402.1 Homo sapiens (human) hypothetical protein ATGGGGCTCAGCGACGGGGAATGGCAGTTGGTGCTGAACGTCTGGGGGAAGGTGGAGGCT GACATCCCAGGCCATGGGCAGGAAGTCCTCATCAGGCTCTTTAAGGGTCACCCAGAGACT CTGGAGAAGTTTGACAAGTTCAAGCACCTGAAGTCAGAGGACGAGATGAAGGCATCTGAG GACTTAAAGAAGCATGGTGCCACTGTGCTCACCGCCCTGGGTGGCATCCTTAAGAAGAAG GGGCATCATGAGGCAGAGATTAAGCCCCTGGCACAGTCGCATGCCACCAAGCACAAGATC CCCGTGAAGTACCTGGAGTTCATCTCGGAATGCATCATCCAGGTTCTGCAGAGCAAGCAT CCCGGGGACTTTGGTGCTGATGCCCAGGGGGCCATGAACAAGGCCCTGGAGCTGTTCCGG AAGGACATGGCCTCCAACTACAAGGAGCTGGGCTTCCAGGGCTAG Структура в PDB: https://www.uniprot.org/uniprot/P02144 
Мы видим, что аминокислотный остаток Gly, входящий в состав альфа-спирали, закодирован кодом GGC. 
Аминокислотный остаток Gly, входящий в состав пи-спирали, закодирован кодом GGT. Код Структура GGC Альфа-спираль GGA Бета-спираль GGT Пи-спираль GGG 310-спираль Сопоставив коды со структурой 
я в 1992-ом году составил таблицу композиционного генетического кода (3D genetic code): 
1 - альфа-спираль 2 - бета-спираль 3 - пи-спираль 4 - 310-спираль Взаимное расположение аминокислотных остатков в спиралях я взял с карты Рамачандрана:  
Получилась таблица углов поворота: alpha-helix 10 30 97 beta-helix 0 120 120 pi-helix 0 30 -60 310-helix 10 30 80 Программа автоматически строит 3D модель фрагмента лизоцима по нуклеотидной последовательности: tgtgctaaacgcgttgttagagacccacaaggtatcagagcttgggttgcttggagaaatcgatgt Каждый аминокислотный остаток изображается шариком, цвет которого показывал вариант 3D-кода: GGC - код альфа-спирали. Отмечен красным цветом GGA - код
бета-спирали. Отмечен зеленым цветом GGT - код пи-спирали. Отмечен голубым цветом GGG - код 310-спирали. Отмечен оранжевым цветом Дисульфидный мостик - гарантия достоверности. Случайность исключена. Входные данные для программы Пикотех: tgtgctaaacgcgttgttagagacccacaaggtatcagagcttgggttgcttggagaaatcgatgt *** Входные данные для программы Пикотех: : tgtcatttatcctgcagtgctttgctgcaagataacatcgctgatgctgtagcttgt *** Input data: tgtcacttgtcttgt *** Входные данные для программы Пикотех: tgcaacatcccgtgctcagccctgctgagctcagacataacagcgagcgtgaactgc *** Входные данные для программы Пикотех: atggaagctaggagccgggctcccagaagacagctgtgcccgcct *** Входные данные для программы Пикотех: atgaggtctttgctaatcttggtgctttgcttcctgcccctggctgctctggggaaagtctttggacgatgt Вероятность случайного замыкания 6
фрагментов через дисульфидные мостики порядка 10^-84, т.е. случайность исключена. Модель оболочки икосаэдрического вируса (фрагмент) Модель
оболочки икосаэдрического вируса Модель оболочки икосаэдрического вируса. Показана кольцегранная электронная поверхность. *** На уровне 2D структуры белка пикотехнология уже является коммерческим продуктом. .png)
Программа "Пикотехнология
2D" позволяет определять вторичные структуры белков целыми геномами. Все структуры белков человека были определены на двух персональных компьютерах за одну рабочую неделю: Human Genome Protein Structure Пример схемы вторичной структуры белка, представляющего собой программную спираль: Алгоритм Пикотех 3D показал, что эта программная спираль белка сопряжена с ДНК. Тот же белок. Третичная структура. Тот же белок. Электронная детализация. Механизм взаимодействия белок-ДНК *** В 2018-ом году на конкурсе CASP победила компания Deep Mind, используя для поиска гомологов не
аминокислотную, а нуклеотидную последовательность: https://deepmind.com/blog/alphafold/ Мы продвинулись дальше. В 1992-ом году нам удалось открыть композиционный генетический
код, что позволяет определять структуру белка и без гомологии с надёжностью 100%. Так же, как обычный генетический код позволяет определять первичную структуру белка. Наши результаты на конкурсе CASP На наши результате организаторы CASP не обратили внимания, т.к. эталоном считается
рентгеноструктруный анализ, но он не может отличить пи-спирль от альфа-спирали и программную спираль коллагена от тройной. Поэтому наши результаты были слишком точные для CASP, чтобы признать их верными. Нам не хотели присылать нуклеотидную последовательность, т.к. считалось, что достаточно аминокислотной. Deep Mind оказалась тем мостиком, который позволяет перейти от гомологии по аминокислотной последовательности к гомологии по нуклеотидной последовательности. Ведь в основе гомологии лежит РСА, поэтому его
ошибки Deep Mind не заметила, и конфликта с РСА не получилось. Но теперь нужно идти дальше. От гомологии к прямому использованию композиционного генетического кода. Вы имеете шанс стать первыми пользователями новейшей высокой технологии, основанной на научном открытии композиционного генетического кода. Доклад для лабораторий: http://nanoworld.org.ru/topic/301/ Поиск программных спиралей по результатам работы геномной версии программы Пикотех 2D (9-я версия) Email: kushelev20120@yandex.ru
Тел.
+7-926-5101703
+7-903-2003424
+7-916-8265031 Обсуждение
Испытываем 9-ю версию программы Пикотех 2D Заказ 2019-02-08_005: Ищем: 10*(activity) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/KX … UG89FDX01R https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/943391290 Развернуть: https://yadi.sk/i/LBWbLbN0rEUARg
Слушать: https://yadi.sk/d/t_XbdBtsrGMlLA  В 9-ой версии программы Пикотех 2D можно выбирать цвет символов, чтобы получить максимальный контраст с цветным кодом вторичной структуры. Новые возможности 9-ой версии помогли сделать ряд научных открытий, о которых мы расскажем уже в этом выпуске рассылки. Обсуждение
Молекулярный ускоритель?! Заказ 2019-02-10_001: Ищем: 10*(activity) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP … UG89FDX01R >XM_001618167.1
Nematostella vectensis predicted protein (NEMVEDRAFT_v1g68325) partial mRNA TACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAG ATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCT AGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGTACCCAAGATTACGCCTGCACC CTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCA CCCTAGATTACGTCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGCCTGCACCCTAGATTACGTCTG CACCCTAGATTACGCCTGCACCCTTAGATTACGCCTGCAC 
Развёрнуто: 
Слушать музыку сборки: https://yadi.sk/d/f9KZqKn-bwVn9g Похоже на фрактальный перевертыш, т.е. программная спираль вероятно складывается пополам. Кстати, судя по нотам, это может быть ускоряющая или
замедляющая система для какого-то химического соединения... *** Заказ 2019-02-10_003: Ищем: 10*(activity) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/OW …
UG89FDX01R 
Развернуть: https://yadi.sk/i/ljs_bF0hZ_EA7g
Слушать: https://yadi.sk/d/0UJMPXwlrXQN_g Музыка вполне подходит для аранжировки... Фрактальная программная спираль
состоит из витков пи-спирали и дополнительных участков. Этот белок тоже может быть молекулярным ускорителем судя по нотам... Обсуждение
Пролиновая настройка / Proline tuning Заказ 2019-02-10_004: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EQ …
012M51F016 
Развернуть: https://yadi.sk/i/z873VKukkoqGBw
Слушать: https://yadi.sk/d/_PlJOB3rucN6XQ
Музыка вполне подходит для аранжировки. 
Кушелев: Наконец нам попалась фрактальная программная спираль
белка, где реализована пролиновая подстройка витков. *** Заказ 2019-02-10_005: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AC … 012M51F016 *** Заказ 2019-02-10_007: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP
… 012M51F016 Развернуть: https://yadi.sk/i/wkFr6kgia2TiBg
Слушать: https://yadi.sk/d/Yr79EZbVzqgJEQМы снова видим двойную пролиновую подстройку витков фрактальной программной спирали. Кстати, с
метиониновой коррекцией. *** Заказ 2019-02-10_008: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/EF … 012M51F016 Развернуть: https://yadi.sk/i/vAYItnjTpAGMpQ
Слушать: https://yadi.sk/d/zvB69j10RheRBAИ снова пролиновая настройка витков фрактальной программной спирали. *** Заказ 2019-02-10_010: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/OW … 012M51F016 Развернуть: https://yadi.sk/i/A_RwaMbfpMgBeg
Слушать: https://yadi.sk/d/tKr6np37cO8fGw 
Двойная пролиновая настройка витков фрактальной программной спирали. Заказ 2019-02-10_011: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP … 012M51F016 Развернуть: https://yadi.sk/i/xkhmSm-Zpj-UiQ
Слушать: https://yadi.sk/d/tknpCWRADfCbqg И здесь мы видим пролиновую подстройку витков фрактальной программной спирали.
Обратите внимание, что каждый третий период "високосный", т.е. в периоде 8*3=24 аминокислотных остатка. *** Заказ 2019-02-10_012: Ищем: 10*(svvsfvcewprrpsst) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP … 012M51F016 Развернуть: https://yadi.sk/i/2XjaMsz6EcK6Nw
Слушать: https://yadi.sk/d/ewszGmx83IG1VA 
Оказывается бывает и тройная пролиновая подстройка витков фрактальной программной спирали! При этом виток подстраивается ещё в двух
местах. *** Заказ 2019-02-10_016: Ищем: 10*(pppggggg) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP … 13Z846F016 Четырехкратная пролиновая подстройка витков программной спирали. На первый взгляд кажется, что трёх пролинов более, чем достаточно, но "пока подстраивали, структура подросла..." Развернуть: https://yadi.sk/i/PQ36XZBcO523_w
Слушать: https://yadi.sk/d/n47oxTDd3Nl4QQ Белок PIA54572 интересен тем, что начинается с чередования всех фундаментальных спиралей, т.е. сначала идёт пи-спираль, потом переходит в 310-спираль, затем в альфа-спираль и наконец, в
бета-спираль. 
В белке PIA54572 мы наблюдаем четырехкратную подстройку витка программной спирали. Длинные витки могут подстраиваться пролинами и большее число раз. *** Развернуть: https://yadi.sk/i/VbYcNWpaJTAHrQ
Слушать: https://yadi.sk/d/p-re9Ey5iciUyw 
Фрактальная программная спираль на основе фундаментальной бета-спирали. Тройная пролиновая подстройка витков. Обсуждение Ждем вас на трансляции из лаборатории "Наномир" в ближайшую субботу 16 февраля в 19.00 Ссылка на трансляцию будет опубликована здесь: http://nanoworld.org.ru/topic/2129/
Инвестирование научных проектов Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без
ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в
PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть
использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить
информацию о структуре Вашего белка. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов -
выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, mail: kushelev20120@yandex.ru Подпишитесь на мой канал на ютубе: https://www.youtube.com/channel/UCsx422KjIzwTWTBPPpwBlXQ?view_as=subscriber форум, facebook веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!
|
