|
Выпуск 685 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ... Пикотехнология белков подтверждена с помощью ЯМР и КД! Историческая справка. Пикотехнология была создана независимо Александром Кушелевым (1988г.), Кеннетом Снельсоном (1960г.) и Збигневым Огжевальским (до 1956г). Пикотехнология белков основана на формах аминокислот, которые удалось определить в модельных экспериментах в 1992-ом году (Александр Кушелев и Дмитрий Кожевников) и таблице композиционного (3D) генетического кода, открытого Александром Кушелевым в 1992-ом году. В настоящее время создан онлайн-сервис по определению белковых
структур: Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY С его помощью структуры всех белков человека были определены на двух персональных компьютерах за неделю: Human
Genome Protein Structure Сегодня мы расскажем об экспериментальном подтверждении пикотехнологии белков с помощью ядерного магнитного резонанса (ЯМР) и кругового дихроизма (КД). До этого было подтверждение с помощью рентгеноструктурного анализа (РСА). В статье приводится ЯМР-спектр белка PG-2(2MUH), состоящего из 16 аминокислотных остатков. Объясняется, что химические сдвиги интерпретируются, как зоны бета-слоёв. Давайте посмотрим, что покажет нам композиционный, т.е. 3D генетический код этого белка... Нуклеотидная последовательность в формате fasta: >ENA|AAA31061|AAA31061.1 Sus scrofa (pig) leukocyte antimicrobial peptide precursor
ATGGAGACCCAGAGAGCCAGCCTGTGCCTGGGGCGCTGGTCACTGTGGCTTCTGCTGCTG
GCACTCGTGGTGCCCTCGGCCAGCGCCCAGGCCCTCAGCTACAGGGAGGCCGTGCTTCGT
GCTGTGGATCGCCTCAACGAGCAGTCCTCGGAAGCTAATCTCTACCGCCTCCTGGAGCTG
GACCAGCCGCCCAAGGCCGACGAGGACCCGGGCACCCCGAAACCTGTGAGCTTCACGGTG
AAGGAGACTGTGTGTCCCAGGCCGACCCGGCAGCCCCCGGAGCTGTGTGACTTCAAGGAG
AACGGGCGGGTGAAACAGTGTGTGGGGACAGTCACCCTGGATCAGATCAAGGACCCGCTC
GACATCACCTGCAATGAGGTTCAAGGTGTCAGGGGAGGTCGCCTGTGCTATTGTAGGCGT
AGGTTCTGCATCTGTGTCGGATGA Вторичная структура в компактном представлении: 
Развёрнуто: 
Вторичная структура фрагмента (Пептид
PG-2): 
Программа Пикотех 2D показывает два альфа-спиральных участка с поворотом между ними. Неплохо для начала... Файл dne для программ
CASP-3 (Евгения Неделько) и Picotech 3D (Дениса Савина): Locus ENA|AAA31061|AAA31061.1 Sus scrofa (pig) leukocyte antimicrobial peptide precursor
FT CDS 1..51 GGAGGTCGCC TGTGCTATTG TAGGCGTAGG TTCTGCATCT GTGTCGGATG A
// Такую 3D структуру показывает программа HyperChem по PDB-файлу, сгенерированному программой CASP-3 (Евгений
Неделько)
Такую 3D структуру показывает программа HyperChem по PDB-файлу, сгенерированному программой Picotech 3D (Денис Савин) Пикотехнологическая модель антимикробного пептида PG-2, построенная программой Picotech 3D (Денис Савин) Вариант с изменением композиционных углов бета-спирали на минус 30 градусов. Иначе повернут последний аминокислотный остаток Gly-16Такую 3D модель нам показывают авторы, которые
исследовали антимикробный пептид PG-2 методом ЯМР (ядерного магнитного резонанса). Согласитесь, сходство моделей поразительное  Теперь
можно констатировать факт, что данные программы Пикотех 3D коррелируют не только с результатами рентгеноструктурного анализа (РСА), но и с данными ядерного магнитного резонанса (ЯМР).  3D модель целого белка Композиционный угол бета изменен на минус 30 градусов Стрелкой показан антимикробный пептид PG-2 Стрелкой показан
антимикробный пептид PG-2 Обсуждение
Письмо заместителю директора Института белка по науке. Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY Part 2 Уважаемый Алексей Донатович! Вы писали в письме N686543 от 8 июня 2019 года: >Предлагаемые А.Ю. Кушелевым объекты с идентификаторами в базе данных NCBI XM_022674627.1 и KGO44433.1 представляют
собой полилизиновые последовательности аминокислотных остатков с отличающимися первыми двумя аминокислотами: валин-глутамин и метионин-аспартат, соответственно. Физические свойства полилизиновых последовательностей подробно исследованы различными физическими и химическими методами и приведены в статьях (например, в статьях с идентификаторами в PubMed 23524291, 1540655, 11902797). Кушелев: Пришлите, пожалуйста тексты этих статей для анализа. В частности, меня интересует, есть ли в них результаты исследования белков с помощью кругового дихроизма? Именно этот метод позволяет надежно отличить альфа-спираль от пи-спирали. В
современной литературе фигурируют графики для различных конформаций полилизина. Я предполагаю, что правильная интерпретация графиков КД выглядит так: 
Это подтвердится в том случае, если график для белка с идентификатором KGO44433.1 будет соответствовать альфа-спирали, а график с идентификатором XM_022674627.1 будет соответствовать пи-спирали. Интересно узнать Ваше мнение. Возможно, что Вы знаете, в какой лаборатории можно провести окончательную проверку
пикотехнологии белков. Возможно, что наряду с полилизином помогут и другие белки, образующие длинные в т.ч. программные спирали: 
С уважением,
Александр Кушелев Обсуждение
Свинцовые апертуры рентгеновских ... минаретов! Орнаменты кодирующих апертур Земная наука уже освоила цветную рентгенографию 
В рентгеновском диапазоне обычные линзы не работают, поэтому применяются специальные маски, которые называются кодирующими апертурами. 
Соборная мечеть в Язде (Иран) Здесь кодирующая апертура n("AU ES") расположена горизонтально. 
Аксарай, Шахризабз, Узбекистан Здесь та же, слегка модифицированная, кодирующая апертура "AU ES" расположена не горизонтально, а вертикально. 
А
здесь мы видим уже 4 типа элементов ("AU", "ES" и два "невообразимых символа") расположенных "в шахматном порядке" на цилиндрической поверхности минаретов. Просматривается и второй тип кодирующих апертур.  Пилоны Аксарай, Шахризабзе, Узбекистан
Цитата: Минарет Йивли венчает крытая свинцом коническая крыша. Цитата: свинец, скрепляющий кирпичи минарета, расплавился
Цитата: Основой глазури служили свинцовые белила, в которые добавляли измельченные компоненты оксидов металлов для широкой цветовой гаммы. Это - цветные рентгеновские апертуры и опять на крыше, где в выплазмывательном комплексе выходит пучок ионов. Вот он, глазурованный пирпич разных цветов, т.е. с добавлением оксидов разных металлов. Это позволяет создавать цветные рентгеновские апертуры. Цитата: половой
кирпич называется муравленым потому, что муравят его свинцом. Комментируя эти документы технологически, нужно сказать, что свинец входит в состав глазури в виде сурика или глета, т.е. металлического свинца, окисленного путем прокаливания. Глет или сурик, смешанный с песком или глиною и нанесенный на глиняное изделие, даст в обжиге прозрачный, слегка желтоватый стекловидный покров – глазурь. Отсюда ясно, что муравлением называли глазуровку глиняных изделий, а муравлеными изделиями – изделия
глазурованные. Указание на муравленье свинцом (т.е глазуровку бесцветной или неизвестного цвета глазурью) не так часты в документах, как выражение «муравленый зеленый», то и дело встречаемое в XYII-XYIII веках. В 1701 году «Гончарной слободы тяглец Василий Федоров сделал из своей глины в церковь 12 апостолов и в патриаршую крестовую палату выстилку на мосту, в которых
местех старой половой муравленый кирпич выломался, 910 кирпичей угольчатых, четвероугольных: и те кирпичи с одну сторону «зеленил своим свинцом». Здесь выражение «зеленил свинцом» употреблено вместо «муравил свинцом», как равнозначащее в применении к кирпичу. Конечно, слова «зеленил свинцом» технически не точны. Свинец является составной частью бесцветной глазури и зеленить их можно, лишь прибавив в него
краситель, красочный пигмент, каковым в данном случае является медь. Свинец отмечен потому, что он является преобладающим и более ценным материалом в составе зеленой глазури.
Минареты храмовой горы. И снова крыши покрыты свинцом.
Минареты Петербурга Цветная
рентгеновская апертура из глазурованных кирпичей.
Интересно проанализировать, какие изображения можно получить с помощью такой апертуры, если источник рентгеновского излучения находится внутри трубы, а датчики - вокруг трубы. 4 апертуры на разной высоте позволяли контролировать режим на 4 уровнях фрактального
ускорителя ионов.
Минарет и Мечеть Ходжа Ислама 15 кодирующих апертур для контроля режима выплазмывательного комплекса! Знакомый орнамент... Похоже, что это - цветная кодирующая апертура рентгеновского диапазона. Кстати, она напоминает узор на глазу насекомого: 
Только у насекомого всего два цвета, а на
схеме кодирующей апертуры 6.  Мечеть намазга в Бухаре. XII в. Деталь михрабной ниши Минарет в Узгене Подобная структура может выполнять несколько функций: 1. Источник энергии 2. Двигатель 3. Кодирующая апертура 4. Геодезический эталон + шкала 5. Приёмно-передающая антенная система 6. Источник тепла и света Фрактальные фокальные зоны .jpg) Фрактальные кодирующие апертуры Кутб минара. Детекторы от метрового до рентгеновского диапазона, вероятно, располагались в фокальных зонах фрактальных ниш, что показано зелеными и голубыми полосками. В случае Кутб минара речь идёт о фрактальных фокальных зонах, расположенных на нескольких ярусах ускорителя ионов. Обсуждение
Генная инженерия - бионика наоборот... 
- Могут ли быть такие глаза у насекомого? - Это фейк! - А это? - Не знаю. - Правильно. Это не фейк. Первое изображение сделано в Фотошопе, но с помощью генной инженерии можно создать и реальный организм с такими глазами. Рисунок программируется... Дифференциальные кодирующие апертуры Эта реальная кодирующая апертура является комбинацией позитивной и негативной масок, т.е. используется дифференциальный метод или метод сравнения в данном случае позитива с негативом. Переход изображения движущегося объекта из одной зрительной зоны в другую сопровождается инверсией его цвета. Это облегчает его демаскировку. Сравните эту реальную кодирующую апертуру с апертурой рентгеновского телескопа: .jpg)
Согласитесь, что сходство поразительное! С помощью генной инженерии сходство можно увеличить ещё больше. Обсуждение
Как измерять локтями с атомной точностью?  Представьте себе, что у Вас на локтях размещены фрактальные эталоны длины, имеющие атомную точность. Достаточно приложить такой "локоть" к измеряемому объекту и сфотографировать. Обратите внимание на размер "стоматолога", который производит осмотр полости рта. Обсуждение
Одиннадцатиричная шкала индейцев  Подробнее 2*зеленый-2*красный-желтый-голубой-красный-"розовый"-25*белый- Период 33 узких полосы. Согласитесь, оригинально... 33-66-99-132-165-198-231-264-297-330-363-...11*3*n Кстати, бисерный диск имеет ось симметрии 11-го порядка, а число бусин во внешнем круге 8*11=363. Ещё не 365, но уже и не 360 Обсуждение
Кодирующая апертура пришельцев с красного гиганта Очень любопытная кодирующая апертура (3 цвета бусин: красный,
оранжевый, желтый) Ширина 34 ряда Если допустить, что красный, оранжевый и желтый - основные цвета в зрении создателей этой кодирующей апертуры, то выходит, что они прилетели с
красного гиганта, где видимый диапазон спектра ограничен желто-зеленым цветом. Их радуга тоже семицветная, но в отличие от нашей: красный-оранжевый-желтый-зеленый-голубой-синий-филоетовый, они видят радугу из полос следующих цветов: инфракрасный, красный, красно-оранжевый, оранжевый, оранжево-желтый, желтый, желто-зеленый. Змеи с красного гиганта, вероятно, видят в тепловом или даже 8-мм диапазоне, а пчёлы с красного гиганта, вероятно, видят зеленый, что является аналогом ультрафиолета для
нас. Обсуждение
Защитные очки и маски инопланетян 
Впервые изображение защитных очков в виде татуировки я заметил на этой фотографии более 20 лет назад.  Так, вероятно, выглядят защитные очки и маски
инопланетян. 
Фиолетовые очки или маска, вероятно, защищают от ультрафиолетового излучения композитно-лучевых инструментов (трезубцев, ваджр) 
Желтый цвет может изображать позолоченную защитную маску, напоминающую эти защитные очки: 
и контактные бриллиантовые линзы: 
Подробнее Обсуждение
Икона "Светящееся яйцо" (Grace Cathedral, San Francisco) Как тут не вспомнить другую икону с надписью: "Вовремя стань нам равный..."  
Подробнее Обсуждение
Создан онлайн сервис "Определение структуры белка по нуклеотидной последовательности" Профессиональный онлайн-сервис Определены структуры всех белков человека Часть 1 Часть 2 
3D генетический код подтвержден методами РСА, ЯМР и КД:
На базе научного открытия нами создан онлайн-сервис по определению структуры белковых молекул. Теперь мы сможем зарабатывать вместе.
Презентация для заказчиков белковых
структур По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру. Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!" Ваша задача заключается в размещении рекламы на
онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по
номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы. Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не
предел. 
Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе
автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
"Монстр" первой хромосомы человека насчитывает 5207 аминокислотных остатков. Вторичные структуры белков в компактном изображении: 
Первая 1000 белковых структур за счёт лаборатории Наномир (по старой технологии это стоило бы 10 миллионов евро). Обсуждение
Инвестирование научных проектов
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется
услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок. Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего
его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB). В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами. Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка. Сотрудничество может быть различным: - участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное) - совместное создание коммерческого продукта - поиск инвесторов - выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов - конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир - содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п. - материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир. +7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, mail: kushelev20120@yandex.ru
Карта VISA Сбербанка 4276400045661130 PayPal: kushelev20120@yandex.ru (вариант перевода друзьям) веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Кошелек Яндекс-деньги: 410011905885672 Огромное спасибо всем за помощь и поддержку!
|
)
)
