Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и меркнут чудеса ...
Дробно-валентные связи в аминокислотах и белках
Кушелев: Привет!
Как твоя диссертация?
Интересная вещь выясняется...
Это пикотехнологическая модель аминокислотного остатка без атома азота.
Считается, что атом С' соединен с атомом С альфа и с атомом N(i+1) одинарными связями, образующими полуацеталь. Однако если обратить внимание на точки контактов между электронами, то мы увидим, что это не одинарные связи, а дробные, т.е. 2/3-валентные. Между С' и С альфа только 2 точки контакта, а одинарная связь это 3 точки контакта. Третья точка контакта соединяет атомы С альфа и N(i+1) другой дробной связью 1/3-валентной. Но это только начало "чудес". Точек контакта между электронами соседних атомов может быть 8(!), а это соответствует четверной связи.
Число точек контакта ... Кратность связи
3 ... 1
4 ... 2
6 ... 3
8 ... 4
Кстати, уже открыты молекулы HOOOH и HOOOOH.
Я предполагаю, что скоро обнаружат и гипотетическую молекулу Кушелева: HOOOOOOH. Подробнее
Понятно, что она тоже содержит не только одинарные, но и четверные связи.
Кстати, двугранный угол в этой молекуле в кристаллическом состоянии равен 90.2 градуса, т.е. увеличен на 2 десятых градуса за счёт кулоновского отталкивания протонов. В газообразном состоянии углы существенно отличаются, но об этом позже.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
Нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка:
Однако исследователи заметили лишь петли фрактальной 1141411141411119(98)557-спирали. Они решили, что петли состоят из бета-стрендов.
Развёрнутая схема вторичной структуры одного периода.
Программа Пикотех 2D показывает, что этот белок действительно имеет петлевую структуру, но петли состоят не из бета-стрендов, а из гибридной альфа-310-спирали. 1141411141411119(98)557-спирали. Это значит, что современные экспериментальные методы могут не отличить альфа-спираль от других структур. Пора исправить это досадное недоразумение...
Словарь вторичных структур:
Подробнее:
Вторичная структура белка (фрактальная программная спираль) в компактном изображении:
Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
Если выпуск не отображается, вы можете прочесть его
на сайте
Это сообщение было отправлено на e@mail потому, что вы подписались на рассылку
science.news.nanoworldnews
на subscribe.ru.
Чтобы гарантировать получение писем от нас — добавьте наш адрес в адресную книгу.
