780 Собираем из конструктора модель белка, форма которого совпадает с формой ДНК! Моделируем комплекс белок-ДНК...
Выпуск 780
Лаборатория Наномир
Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и меркнут чудеса ...
Собираем из конструктора модель белка, форма которого совпадает с формой ДНК! Моделируем комплекс белок-ДНК...
На этих схемах вторичных структур белков просматриваются характерные признаки фрактальных спиралей. Главный признак - периодичность. Повторы (repeats). В подавляющем большинстве белков повторы аминокислотной последовательности означают и повторы пространственной структуры на разных фрактальных уровнях.
Схема вторичной, точнее сверхвторичной структуры белка, форма которого совпадает с формой ДНК с поразительной точностью. Упоминание о таких белках я недавно обнаружил в учебнике по структурной биологии. Нашлись и другие данные РСА, соответствующие данным, полученным по таблице 3D генетического кода:
Для уточнения торсионных углов было принято решение изготовить модели этих белков из суставно-стержневого конструктора. Что из этого получилось, будет показано в будущих выпусках рассылки.
Если внимательно посмотреть на схему этой сверхвторичной структуры, то можно заметить, что периодичность в средней части структуры нарушена. В этом месте фрактальная спираль гнётся. А параметры изгиба запрограммированы нуклеотидной последовательностью. В будущих выпусках рассылки можно будет увидеть пространственную модель этой структуры.
Понятно, что кодирующая апертура на фасетчатых глазах этой мухи запрограммирована генетически. Но как? Хотелось бы в этом разобраться. Ведь кодирующие апертуры позволяют насекомым видеть цветное изображение, причём в т.ч. в ультрафиолетовом диапазоне. А это могло бы пригодиться и людям. Тем более, что уже делаются цветные рентгеновские снимки...
Может ли кодирующая апертура рентгеновского диапазона быть дифракционной решеткой теплового диапазона?
А почему нет? Если элементы кодирующей апертуры образуют периодическую структуру, которая в тепловом диапазоне однородна, то она вполне может выполнять функцию дифракционной решетки. Это открывает перспективы создания многодиапазонных систем панорамной видеорегистрации. В рентгеновском диапазоне это кодирующие апертуры, в ультрафиолетовом, видимом и инфракрасном - это оптические линзы с матрицами, как в фотоаппаратах и видеокамерах, а в тепловом диапазоне это - дифракционные решетки. При этом система может работать как в приёмном, так и в передающем режимах.
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
Нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка:
Однако исследователи заметили лишь петли фрактальной 1141411141411119(98)557-спирали. Они решили, что петли состоят из бета-стрендов.
Развёрнутая схема вторичной структуры одного периода.
Программа Пикотех 2D показывает, что этот белок действительно имеет петлевую структуру, но петли состоят не из бета-стрендов, а из гибридной альфа-310-спирали. 1141411141411119(98)557-спирали. Это значит, что современные экспериментальные методы могут не отличить альфа-спираль от других структур. Пора исправить это досадное недоразумение...
Словарь вторичных структур:
Подробнее:
Вторичная структура белка (фрактальная программная спираль) в компактном изображении:
Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
Если выпуск не отображается, вы можете прочесть его
на сайте
Это сообщение было отправлено на e@mail потому, что вы подписались на рассылку
science.news.nanoworldnews
на subscribe.ru.
Чтобы гарантировать получение писем от нас — добавьте наш адрес в адресную книгу.
