797 Дискуссия Дмитрий Кожевников - Александр Кушелев
Выпуск 797
Лаборатория Наномир
Когда реальность открывает тайны, уходят в тень и меркнут чудеса ...
Дискуссия Дмитрий Кожевников - Александр Кушелев
Александр Кушелев:
2021г. 29 ноября в 22:04
Молекула озона (википедия):
Так могла бы выглядеть модель молекулы озона, если бы у атомов кислорода, которые находятся в нижнем ряду, было бы по 7 электронов на внешней оболочке.
Модель аминокислоты, глицина (Gly). Группа азота не показана
Модель атома углерода из группы С=О удалена, а модель атома кислорода поставлена на его место.
Так оно и есть. Эти электроны взяты у среднего атома кислорода. В результате крайние атомы приобрели отрицательный заряд, а средний - положительный.
Средний атом остался как бы без крыши, образованной парой электронов. При этом угол в молекуле озона фактически совпадает с аналогичным углом в аминокислоте. А одинарные связи O-O-O расщепились на 2/3 (дробно-валентные), которые соединяют средний атом с крайними (две точки контакта электронных оболочек) и 1/3 (дробно-валентную), которая соединяет крайние атомы между собой (одна точка контакта электронных оболочек). Подробнее о дробно-валентных связях см. в 786-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.ru/files/700-800/786.htm
Что скажешь?
Дмитрий Кожевников:
30 ноября в 16:45
Уж очень велика асимметрия углов в "недоделанном " озоне...
В учебниках углы в озоне равны.
Александр Кушелев:
30 ноября в 19:39
Это в старом учебнике. В новом так же, как в википедии:
Как там рукопись статьи про аминокислоты? Хотелось бы опубликовать её в рассылке.
Я сегодня обнаружил, что молекула SO3 сопряженная, а H2SO4 имеет строение полуацетали в зоне OSO, а что творится в зоне HOSOH вообще непонятно: Википедия
Дмитрий Кожевников:
1 декабря в 11:05
Привет. Ну, то, что SO3 сопряженная мы и так всегда знали, а чем старое строение H2SO4 не устраивает?
Тем что почти совсем от старости разваливается у меня на работе шкафу?
Александр Кушелев:
1 декабря в 14:18
Я не знал, что сера с кислородом образуют сопряженную систему. А в нашей модели H2SO4 связи тетраэдрические, а сегодня известно, что углы в этой молекуле другие:
Цитата: длины связей в молекуле S=O 0,143 нм, S—OH 0,154 нм, угол HOSOH 104, OSO 119
Угол 119 градусов - полуацетальный. В аминокислотах он 116 градусов. Кстати, когда электронные оболочки С альфа и N(i+1) синхронно крутятся, то полуацетальный угол практически не меняется, а угол между связями через оболочки может меняться почти на 180 градусов. Это же относится и к пролиновому углу, который тоже может меняться почти на 180 градусов. Такие молекулы я назвал эластомерами. Они заменяют бесконечное число изомеров.
P.S. А когда ты рукопись про аминокислоты сможешь найти?
Дмитрий Кожевников:
3 декабря в 13:43
Архивы мне разбирать не только некогда, но и негде...
Это модель молекулы H2SO4. В ней две связи двойные и две - полуацетальных (дробно-валентных).
А в молекуле SO3 три двойных связи. Сопряженной эта молекула не может быть по той причине, что диаметр серы существенно больше диаметра кислорода. Чтобы сера была сопряженной, её должны окружать либо атомы серы, либо атомы аналогичного размера.
Дмитрий Кожевников:
8 декабря в 15:20
Мне не нравится очень: явная поляризация...
Александр Кушелев:
8 декабря в 16:59
Так SO2 уже полярна:
SO4 тоже полярна:
Дмитрий Кожевников:
8 декабря в 18:05
Я про другую поляность: спиновая асимметрия!
Александр Кушелев:
8 декабря в 22:36
А почему её не должно быть?
Кстати, в 796-ом выпуске я опубликовал пикотехнологическую модель и структурную схему молекулы H2SO3.
Где сказано, что у молекул H2SO4 и H2SO3 нет спиновой асимметрии?
Кстати, молекула H2SO3 принципиально отличается от H2SO4 тем, что там нарушается чередование магнитных полюсов электронов, что я показал цветом колец:
Дмитрий Кожевников:
9 декабря в 17:21
Вот со строением H2SO3, как ты его изобразил, я согласен...
Остальное с моей точки зрения: "творчество абстракциониста" - мне не нравятся модели с нарушением закона минимального действия (спиновой анизотропией).
Александр Кушелев:
9 декабря в 17:30
Так H2SO4 отличается от H2SO3 одним атомом кислорода, который симметрично расположен к тому, что тебе понравился в H2SO3 :)
Что касается спиновой анизотропии, то что тебе мешает исправить мою модель? Помнишь, как мы бензол делали? 7 раз я исправил твои модели, 6 раз ты мои, и с 14-ой попытки получилась адекватная модель бензола :)
Дмитрий Кожевников:
9 декабря в 17:56
У меня уже есть вполне годная модель H2SO4
Александр Кушелев:
10 декабря в 13:11
У которой неправильные тетраэдрические углы и неправильные одинаковые длины связей? Пора заменять её на правильную :)
Ты там рукопись статьи про аминокислоты ищёшь? А то читатели ждут...
Дмитрий Кожевников:
10 декабря в 14:32
Чем они неправильны? Двух видов: 2 радикала и два атома кислорода
Александр Кушелев:
10 декабря в 15:30
В твоей модели углы тетраэдрические? А в реальности они разные:
Среди них тетраэдрических нет вообще.
Цитата: угол HOSOH 104, OSO 119
Дмитрий Кожевников:
10 декабря в 15:46
Конечно, OSO 119 они же имеют отрицательный заряд! Отталкиваются друг от друга и притягиваются сильнее к атому Серы!
Все правильно
Александр Кушелев:
10 декабря в 22:24
Ага. И связаны с атомом серы двойной связью. Когда их 3, то углы между ними по 120 градусов. Когда один атом кислорода заменен на пару OH, то угол между двумя другими атомами кислорода уменьшается на 1 градус и становится 119
Дмитрий Кожевников:
10 декабря в 22:34
Нет, сопряженные
Александр Кушелев:
11 декабря в 14:57
Сопряженные не получаются. Это связано с тем, что радиус иона серы существенно больше радиуса иона кислорода. Поэтому возможны только двойные связи. Кстати, они тебе почему-то понравились в модели молекулы H2SO3, но те же связи не понравились в молекуле H2SO4. Где логика?
Дмитрий Кожевников:
12 декабря в 10:37
Как где? в симметрии. 3 и 4.
Александр Кушелев:
12 декабря в 12:13
Ты внимательнее посмотри на модели H2SO4, H2SO3 и SO3.
Модель SO3:
У них одни и те же двойные связи. А где "одинарные", там полуацетальные, т.е. дробно-валентные:
По старой технологии определение одной структуры белка обходится примерно в 10 000 евро, а ждать нужно от 2 месяцев до 3 лет. По новой технологии структура определяется в 1000 раз точнее и в миллиард раз быстрее. 80% от найденного Вами заказа принадлежат Вам, как менеджеру.
Наш лозунг: "В 1000 раз лучше, в 1000^3 быстрее и в 1000 раз дешевле!"
Ваша задача заключается в размещении рекламы на онлайн-сервис белковых структур. Рынок этих структур очень большой и продолжает стремительно расти. Ежедневно кто-то оплачивает до 60 структур по средней цене 10 000 евро за штуку. Новая технология позволила на одном персональном компьютере за неделю определить структуры всех 115 000 белков человека, для которых известна нуклеотидная кодирующая последовательность. При этом качество результата, полученного по новой технологии в 1000 раз выше по точности, в миллиард раз по быстродействию и в 30 раз шире по номенклатуре белковых молекул. Единственное, что нам сегодня не хватает - рекламы.
Как получить Вашу первую зарплату менеджера? Найти заказчика белковых структур и убедить его заказать за счёт лаборатории Наномир пробный заказ. Когда заказчик распробует новую технологию, он начнёт делать коммерческие заказы. С первого коммерческого заказа менеджер получает 80%. С последующих заказов процент будет постепенно уменьшаться, но с первого заказа другого заказчика менеджер снова получит 80%. Зарплата менеджера может достичь миллиона евро в день. И это не предел.
Фрагмент модели лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.
Нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка:
Однако исследователи заметили лишь петли фрактальной 1141411141411119(98)557-спирали. Они решили, что петли состоят из бета-стрендов.
Развёрнутая схема вторичной структуры одного периода.
Программа Пикотех 2D показывает, что этот белок действительно имеет петлевую структуру, но петли состоят не из бета-стрендов, а из гибридной альфа-310-спирали. 1141411141411119(98)557-спирали. Это значит, что современные экспериментальные методы могут не отличить альфа-спираль от других структур. Пора исправить это досадное недоразумение...
Словарь вторичных структур:
Подробнее:
Вторичная структура белка (фрактальная программная спираль) в компактном изображении:
Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структуре Вашего белка.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
Если выпуск не отображается, вы можете прочесть его
на сайте
Это сообщение было отправлено на e@mail потому, что вы подписались на рассылку
science.news.nanoworldnews
на subscribe.ru.
Чтобы гарантировать получение писем от нас — добавьте наш адрес в адресную книгу.
